Omgaan met de, binnen school afgesproken, regels is een wezenlijk deel in de vorming en opvoeding tot verantwoordelijke en   zelfstandige mensen. In dit proces mogen leerlingen, net als de medewerkers, fouten maken, maar er zijn grenzen. Als er wat fout gaat, vindt er een gesprek met de leerling plaats. Daarin wordt gewezen op de eigen verantwoordelijkheid en op de consequenties van het gedrag. In dit proces spelen de mentor, kernteamleider en de sectorleider een belangrijke rol naar de leerlingen en hun ouders/verzorgers. Als leerlingen zeer hardleers zijn in het niet nakomen van bepaalde regels, kan tot schorsing worden overgegaan. Schorsing kan ook plaatsvinden bij zeer ernstige overtreding van de regels. Schorsing kan alleen plaatsvinden in overleg met de directeur en/of de zorgcoördinator. In de uitvoering bewaakt de zorgcoördinator de procedure naar de leerplichtambtenaar, de inspectie en andere externe partijen.

Fysieke agressie van een leerling of ouder/verzorger jegens een personeelslid van ISG Arcus kan tot gevolg hebben dat aangifte bij de politie wordt gedaan en dit kan leiden tot schorsing in afwachting van verwijdering van de school.
Door de grote aandacht in ISG Arcus voor begeleiding van de leerlingen kunnen sancties als schorsing of verwijdering veelal worden voorkomen. Bovendien participeert ISG Arcus in een aantal preventieve projecten: regelmatig informeel overleg tussen de politie en het VO, uitvoering van het project ‘Breakpoint’ en overleg in de PCL (plaatsingscommissie Lelystad).